Elle a d’abord été érigée par Bent Lárusson en 1703 (à un autre emplacement que celui qu’elle occupe aujourd’hui), à une époque où Búðir avait été désigné comme comptoir commercial parmi les 25 établis par les Danois dans tout le pays. Plus tard, tombé en désuétude, le hameau de Búðir a perdu son statut de paroisse. Une femme, Steinunn Sveinsdóttir, s’est alors battue pour obtenir auprès du roi la permission de rebâtir l’église. La reconstruction a été achevée en 1847, comme l’indique un petit drapeau de métal sous la croix.